Scrivere la zona GDFS
Andate su Write GDFS File, selezionate con doppio click il file *.gdf che avete scaricato in precedenza e scompattato in una cartella a vostro piacere e cliccarte su Do Selected Job.

In una decina di minuti il lavoro sarà portato a termine.
Flashare ARM e AVR
Per portare a termine quest'operazione dovete andare nell'area Flash, selezionare Flash AVR CPU e Flash ARM CPU, scegliendo naturalmente i file, rispettivamente, *.sbn e *.arm scaricati e scompattati come spiegato per il GDF.

Una volta selezionati i file cliccate sempre su Do Selected Job e attentede una quindicina di minuti perché l'operazione si concluda.
Ricordatevi sempre di controllare che sia selezionata solo l'opzione che vi interessa, ad esempio se volete scrivere GDF state attenti a NON aver selezionato anche Flash AVR CPU e Flash ARM CPU e viceversa.