Eccotelo: Mp3tag fa al caso tuo.
Oltre a poter personalizzare tutte le informazioni del caso (artista, anno, album, ecc.) in basso a sinistra c'è lo spazio per inserire una copertina. Tasto destro -> Aggiungi copertina. Una volta finito vai in File -> Salva ID3 nel file MP3 e sei a posto.