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Se la procedura è integrata nel codice, come si capisce visto lo scenario, non si può esserne sicuri in alcun modo.

A meno che si non riesca a fare un reverse engineering per ritornare al codice sorgente (per nulla facile, e per giunta illegale se il programma non è open source) e rimuovere manualmente il codice che si occupa del controllo, no: non c'è alcuna possibilità di modificarlo.

L'eseguibile non ha gradito la modifica che hai fatto e non parte più, in quanto esegue un controllo di integrità all'avvio dell'applicazione.