Puoi utilizzare il Monitor di Sistema, un utility preinstallata in Ubuntu simile al Task Manager di Windows. Apri la scheda Processi, selezioni il programma e clicchi su Termina processo.
Oppure, se vuoi utilizzare il terminale, puoi dare il comando:
Il puntatore del mouse si trasformerà in un teschietto. Devi solo fare clic sulla finestra che fa le bizze e sparirà. Il problema è che equivale a chiuderla brutalmente senza salvare nulla.
In alternativa:
Dove al posto di <nomeprogramma> metti il nome del processo ricavato dal Monitor di Sistema. Attento a non killare processi di sistema, tipo tutti quelli che cominciano per "GNOME".
Precisazioni (by ninjabionico):
Le applicazioni utente possono essere terminate anche lanciando i suddetti comandi ma senza il sudo...
... questo risolve il problema dei servizi di sistema (tipo networkmanager, samba, cups, ecc...)...
...
attenti però che potete ugualmente "killare" il pannello (la barra) con
i menu e gli applets (vengono eseguiti con i permessi dell'utente), con
le conseguenze che ben potete immaginare.