Elimina la partizione di Windows con Gparted (lo trovi nell'Ubuntu Software Center), lascia spazio non partizionato.
La partizione non deve essere montata nel sistema, o non potrai modificarla.
Formattata la partizione, quindi lancia da terminale sudo update-grub per sistemare il GRUB.
Se vuoi recuperare lo spazio non partizionato, devi agire da Live CD, va benissimo quello di Ubuntu, che integra Gparted.
Da live allarga la partizione di Ubuntu fino ad integrare anche lo spazio lasciato libero.
Ora Windows è stato eliminato senza problemi.