Scarica una distro linux e avvia dal live cd. Entra nel disco vai alla cartella /media/disk/Documents and Settings/nomeutente/Dati applicazioni/Mozilla/Firefox/Profiles/nomecasuale.default/bookmarksbackup e copia uno dei file, quello con la data più recente.
Apri firefox e vai in Segnalibri


Se invece hai cancellato i file puoi tentare di recuperarli con photorec.
Due consigli:
- Quando metti la nuova scheda madre formatta. Esiste sysprep ma visto che hai problemi ti conviene formattare
- Non usare il ripristino configurazione di sistema che è più che altro un' inutility ma scaricati clonezilla e fai un backup completo ogni tanto. Va bene anche un altro programma di backup, io mi sono sempre trovato bene con clonezilla, puoi fare quello che vuoi e poi torni indietro senza problemi