Applicazioni d'avvio (per regolare l'auto avvio dei programmi) e Applicazioni preferite (per impostare il browser di default,il lettore di default.....)
Al massimo puoi agire da Ubuntu Tweak.
Il comando da terminale?
Mi riferivo al fatto che,se Minitunes non viene visto dal sistema,puoi aggiungerlo manualmente come comando...apri il menù indicato e te ne accorgerai
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