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E' un caso molto frequente che dalle 3.00 a.m. e per 10 minuti, la navigazione improvvisamente rallenta al punto di dovere uscire e rientrare es. adesso.

E' programmato un backup del server, o fuso orario che incide da qualche parte, o è ora che vada a nanna

Sì, alle 3 è programmato un backup completo.
E' normale che la navigazione rallenti.