Non so se esistano dei veri e propri algoritmi di disordinamento...comunque, un buon modo per disordinare il tuo array in maniera casuale è servirsi della classe random().
Metti i tuoi elementi in posizioni casuali del tuo array, ovviamente stando attento a n sovrascrivere...
Qui trovi tutti i dettagli della classe...
http://java.sun.com/j2se/1.3/docs/api/j ... andom.html
oppure usa il generatore random della classe math()
(sfrugolando tra le pag di java.sun.com t trovi la definizione anche d math()) che forse è più veloce (non ci metto la mano sul fuoco).