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Io sinceramente preferisco il Pdf e il Djvu, per l'epub non ho trovato ancora un lettore che mi soddisfi !

Dipende dove lo vuoi leggere: sul PC ovviamente PDF e Djvu sono ottimi, mentre sull'eBook Reader il PDF spesso è pessimo, in quanto moltissimi lettori (se non tutti) hanno problemi ha riformattare il testo per uno schermo più piccolo, caratteri più grandi, ecc. e quindi una pagina A4 viene spezzata "male" su 4 pagine eBook, la quarta che finisce ovviamente spesso a metà pagina bianca, le intestazioni (se presenti nel PDF) vengono riportare ogni 4 pagine, e spesso pure mischiate col testo, ecc.

Sugli eBook reader l'ePub è il formato standard, che ovvia anche a questo (si riformatta/ingrandisce/... a piacere). Sul mio Sony inoltre si leggono meglio di tutti gli LRF, anche se è ovvio essendo il formato proprietario della Sony. Il Kindle di Amazon invece non legge volutamente gli ePub per una questione di $$$ (Amazon impone il suo formato e cerca di limitare la pirateria, o almeno questa è la sua tesi di facciata).

P.S. Per chi cercasse un ottimo convertitore fra i vari formati, Calibre la fa da padrone