Dipende anche da cosa si vuole ottenere: se li si mette in raid si può ottenere (a dipendenza della modalità di raid impostata) un backup in tempo reale sull'altro hd (in caso se ne rompa uno), oppure due hd che vengono visti come uno solo, ma che nella lettura scrittura rendono il doppio di un normale hd (perché se devi ad es. copiare un file da 10MB lui ne copia 5 su uno e 5 sull'altro, ed ogni HD sta operando a velocità massima). (ma ti cxonsiglio di documentarti sul raid per una spiegazione più esaustiva).
Un altro motivo può essere che 1HD è uno da 10000 giri/min (es. serie Raptor, ecc.) sul quale installare OS e applicazioni, con prestazioni davvero elevate, ma anche il costo, mentre un altro hd per archiviare film, ecc. che invece non serve sia così performante...
Le ragioni possono essere più di una, basta sapere quello che si vuole...