Proteggere da scrittura la pendrive non ti permetterebbe di scambiare file quindi se escludiamo questa opzione l'unica percorribile e sensata è quella, come ti è già stato suggerito, di disabilitare l'autorun (personalmente lo odio) visto che ti crea problemi non da poco.
Non credo che il solo evitare l'autorun della chiave possa evitarlo
ed invece è proprio il sistema giusto per evitare che il tuo computer esegua le istruzioni contenute all'interno del file autorun.inf.
Autorun.inf è un file nascosto per cui dovrai abilitarne la visualizzazione da Pannello di controllo>>Opzioni cartella>>Visualizza file nascosti.
Tieni conto comunque che se il tuo antivirus rileva il virus nella pendrive significa che probabilmente non lo hai contratto, sarebbe sicuramente peggio non ricevere nessuna notifica
Dimenticavo, non esiste che io sappia, una versione di TweakUI per Vista ma solo per i sistemi operativi precedenti