Due sistemi operativi: non riesco a eliminare uno

ho formattato il compiuter de mio fratello per cambiare milleniun per 2000 pro dopo de avere fatto 3 volte ho deciso de eliminare la partizioni perche me continuava a venire al momento del avvio 2 sist.operativi 2000 pro il primo parte e il secondo no .(PREMESSA: quando lo ho tocatto io c'erano due s.o; millenium e 2000 che no partiva dal inizio mio fratellino aveva gia installato 2000 pro prima).Continuo a avere il problema mi sono procurata un altro cd de installazione perche quando ho fatto le prime volte me diceva che cera un file dannegiatto ,il problema persiste Cosa Posso fare.....????