Il fatto limitante è proprio questo...
The Doctor ha scritto:... finché vive Windows
...anche Ubuntu vive
... quindi la reinstallazione di Windows ti costringerà alla reinstallazione anche di Ubuntu...
... inoltre la partizione "virtuale di Ubuntu" si appoggia in realtà al filesystem NTFS (quello di Windows) che come sappiamo soffre problemi di frammentazione, condizione inusuale (ovvero molto rara) con i filesystem Ext2-3-4/ReiserFS /ecc... utilizzabili con GNU/Linux, compromettendo le prestazioni del sistema.
Il mio suggerimento è quindi molto semplice, Wubi non è la soluzione "corretta/migliore", ma uno stratagemma per installare Ubuntu cercando di ridurre al minimo il disagio iniziale per l'utente Windows.
Ora che hai preso un po' di confidenza con Ubuntu, nulla ti vieta, se il sistema è di tuo gradimento, di provvedere in futuro all'installazione "corretta/migliore" su delle "vere partizioni del disco fisso" (normalmente servono almeno 2 partizioni, una per il sistema e una di swap per la memoria virtuale, comunque sono previste anche delle procedure guidate per il partizionamento utili per l'utente inesperto).